宁志远还对各级部队做出了一定的调整，除三旅六团外，各师还直属炮兵团、辎重营、装甲骑兵侦察营、警卫营、防空营、装甲营、通信营、工兵营、医疗营、宪兵连，第五骑兵师所属炮团为装甲炮兵团、侦察营为装甲侦察兵营，且不辖装甲营，步兵师满编后每师约25800人至26500人，骑兵第五师满编后约23400人！
师属炮兵团辖三个12门的九四式75MM山炮的山炮营、一个12门105MM榴弹炮的榴弹炮营；装甲骑兵侦察营辖两个骑兵侦察连（每连120名骑兵）、两个装甲侦察兵连（每连装备八辆通用装甲车、四辆多功能步兵战车、两辆LT-38坦克、十二辆挎斗摩托）、一个支援连（装备六辆自行火炮，暂时没有自行火炮，以三级自行防空炮代替）；防空营装备6门105MM防空炮、6门40MM双联装防空炮、六门20MM双联装防空炮）；装甲营辖四个17辆LT-38坦克的坦克连、一个维修连、一个支援连（拟装备六门自行火炮，暂以三级自行防空炮代替）。
旅辖炮兵营、侦察连、警卫连、反坦克连、防空连，每旅约6200至6500人，炮兵营装备12门九四式75MM山炮；反坦克连装备12门KwK38型37MM反坦克炮炮；防空连装备六门40MM双联装防空炮。
步兵团辖三步兵营、团部连、反坦克连、勤务连，每团约两千四百至两千五百人，团部连装备六门九七式90MM迫击炮或六门九四式75MM山炮（以后视部队作战性质，增加六门105MM榴榴炮、120MM迫击炮、76.2MM加农炮，也就是说团一级的炮火竟然达到了五种之多）、四门双联装20MM防空炮；反坦克连装备12门KwK38型37MM反坦克炮、四挺捷克ZB-26轻机枪（后换装MG-34、MG-42）。
步兵营辖三步兵连、火器连、营部连，每营约650至700人，火器连装备六门米国M-1式81MM迫击炮（原来部队普遍反应原本营一级装备的重达一百七十多公斤的九七式90MM质量过重，不利于步兵营快速机动，朱正刚等人建议换装一款80MM口径的迫击炮，宁志远遂解锁了米国M1型81MM迫击炮，这款只有六十一公斤的迫击炮拆开后三个后可以拿着满山炮，很适合步兵营）、九挺马克沁重机枪（后易M2HB型12.7MM高平两用重机枪）；营部连装备3门KwK38型37MM反坦克炮、四挺捷克ZB-26轻机枪（后易MG-34、MG-42）。
步兵连辖三步兵排、机炮排、连部，每连约150人，机炮排排取消掷弹筒编制，装备三门M2型60MM迫击炮，三挺捷克式轻机枪（后易MG-34、MG-42）。
步兵排三十八人，辖三班，每班十二人，包括一个二人机枪组，一个狙击手，一名班长，一名副班长，七名步兵。二人机枪组装备一挺捷克ZB-26轻机枪（后易MG-34、MG-42），副射手使用M1931冲锋枪，狙击手使用毛瑟98K狙击步枪，正副班长使用M1931冲锋枪，步枪手使用M1加兰德步枪，机枪主射手、狙击手、正副班长每人一支M1911手枪。
这只是上报军事委员会的编制，除此之外，新二军还将统辖两个补充旅、一个教导旅、一个重炮旅、一个辎重旅、一个独立骑兵旅，装甲团、警卫团、装甲侦察团、工兵团、宪兵团、防空团、通信营、军属野院各一个，四个基地守备营以及四个要地防空营。
按照此时国民政府保安团的普遍编制，一个团只有区区数百人，但是这显然满足不了宁志远，在他眼中，保安团可不只是保障地方治安的民团性质部队，而是正儿八经的作战部队，主力远征后需要负责西北的安全，如果需要，甚至要随时整编为正规军，走上不久后的抗日战场，所以委员长给的二十个保安团，宁志远打算全部按照正规军编制来组建，只是在炮兵数量上略少，每个团的人数在两千人左右。
除上述各部外，另组建有一个未公开的军事情报处，军事情报处有生化特工三百余人，普通人约一千余人，目前主要活动在西北、华北，慢慢会延伸到华中、华南，乃至整个种花家、全球。
照这个编制的话，新二军及保安司令部总兵力将达到二十万人，而宁志远目前只有生化士兵三万余人，完成整编俘虏、起义部队一万五千余人，未完成整编俘虏及起义人员约两万，招收新兵一万一千人，即使这些人俘虏、起义人员和新兵全部编入部队，亦仅有七点六万人，还有十二万人的巨大缺口，即使宁志远有生化军营存在，也需要两年多的时间才能补满这个缺口！
宁志远只能寄希望于在西北征召普通人从军，此外，等到委员长遣送的灾民到达西北后，应该也可以从那里面召到许多新兵，毕竟对那些活不下去的灾民而言，从军不失为一条活路，再配合生化兵营的生产，应该可以在最短的时间内完成满编，在此之前，宁志远只得暂时停止组建保安团，每个旅也暂时编成一个团，军直属部队先编组警卫团、装甲侦察团、工兵团、宪兵团、、通信营、军属医院、四个基地守备营、四个要地防空营，至于其余部队，只能暂时先搭一个架子在那儿！
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