赶上五十万的银圆的汇票到手，听说山东地方恢复了平静，心情大好的朱由检，意外的同意了这次建议。并表示，有司可设条例，以待日后有据可查。意思是，抄家是必须的，罚金换一条命也是必须的，该罚多少，你得有个标准。但是，是否按照这一次的例子来，还得由皇帝来决定，不可作为常例。意思就是，规则可以搞出来，是否按照这个规则来，标准在皇帝的手里掌握着。这一招出来，虽然说皇权还在发挥主要作用，但已经被砸出一个口子。
山东的事情，居然就没人提了，孔家的问题，也没人去提。最后还是陈燮联合按察司、布政司上奏：圣人门第，不可没落。可从罚金之中拨款一些，交由彼等安家，另选继承人，官府出面帮助孔家恢复门第。
朱由检很干脆，一事不烦二主，孔家的妇孺是陈燮救的，一些贪官的罚金还没收上来的，全部交由陈燮代转给孔家。另立家主一事，也由陈燮代为选定，择日举行仪式，上奏审批。
陈燮很认真的写了个长奏折，先说漕运卫所废弛，可借机整治，为日后整顿卫所积累经验。接着说山东两府官员一案，牵扯众多，当由厂卫接手善后。再说孔家的事情，还是要礼部派一个老成持重的官员下来主持，地方处置名不正言不顺，还是扛着君父的名义下来的官员比较有说服力。具体到钱粮，山东地方可以担负。最后说到官员，吏部、兵部，应尽快选派官员下来接任。
这份奏折到了京师，陈燮再次受到了百官的好评。之前那些弹劾陈燮的家伙，突然换了一张嘴脸，往死里夸陈燮。朱由检这一次很干脆的照准了陈燮的意思，不过加了一条，卫所整顿之事，由陈燮负责。具体到卫所官员的问题，由陈燮推荐至兵部。
兜了一个大圈子，最后给了陈燮这么一个好处，还是看在陈燮带兵厉害的面子上。朱由检小气吧啦的一面，暴露无遗了。陈燮兜了一圈，要的不就是这个么？接着旱情的机会，山东官场上下，都给收拾了一顿。两个府的官员，基本上都被装了进去。关键是卫所的权利，陈燮拿到手了，这一下整条运河，都在陈燮的手上。
在卫所这个问题上，朱由检和陈燮之间，其实是一个默契的结果。陈燮惦记要在运河上收费呢，这个事情朱由检可是记的很清楚的，不然也不能把卫所的事情都给陈燮处理。皇帝再信任一个官员，也都是有度的。
山东的事情到了这个地步，就算是基本结束了。皇帝的同意之后，陈燮立刻着手整顿山东卫所。本来还有个南直隶的大河卫，陈燮是在是够不着。卫所有大量的土地在军官的手里，这一次陈燮接着这个机会，上上下下的军官都撸了个干净。土地自然到手，由专人打理。军户还是军户，不过不用再当兵了，安心种田，地租降到三成五。负责农业这一块的负责人，带着军户修水利，挖深井，费用都是从罚没的钱财里出来。
一番梳理折腾下来，山东运河沿岸尽数落到陈燮手里。沿途的百户、巡检等等官员，全部都换上登州营的军官，任城卫、平山卫的官兵，也都换成了山东的新兵。
内阁来了个阁老，不过不是孔贞运，而是贺逢圣。安置孔家的费用，陈燮倒是一点都不耽误，拨款一万银圆，粮食两千石。这么配合，贺逢圣也很满意。
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