这种复合型行会，对周琅来说是有利的，他不需要一个个职业去考虑，通过行会可以直接对一个大行业的所有环节进行影响。
跟这些行会的沟通发现，他们最担心的问题，跟十三行一样，同样是官府的勒索，不透明的收费，以及紧张的资金。相对来说，他们受到的压力比十三行要小一些，因为他们对官府的依赖更小一些。十三行的垄断就是依靠官府，而他们不需要。对他们影响更大的，还是市场。
所以针对他们，除了透明税收，提供信贷支持外，其实尽快恢复社会秩序，才是对他们最大的帮助。
当然手工商业的税收制度，也进行了改革。
中国古代的工商税主要是关市税，关税并不是现代意义上的海关税收，而是各种过关收费，官府设个卡要通行费就属于关税，也就是说后世高速路收费，属于这种性质；高速路向来被嘲讽为拦路抢劫，清代的关税征收真的就是拦路抢劫。关税主要是针对行商的，不管是用船运输还是用牲口运输，只要有通行行为，就会被征税。税收分为两块，一块叫做户关税（明代时叫做钞关税），税率是按照商品价格值百抽五，至于估价吗，肯定是有水分的；一块叫做工关税，直接征收实物的10%，原本的意义在于为官府修建征集材料，所以是工关税。
总的来说，清朝流通过程中的税率就高达15%了，当然聪明的商人都是通过打通关卡守卫通关，躲避了这个税收，肥了一些守卫关津要道的軍队。
市税就是在市场上征的税收，清朝的市税主要是牙税、当税、店铺税、契税、矿税和落地税。牙税就是十三行那种性质的中间人收的税，官府通过发放牙人执照，定期收税，税额是固定的；当税是向当铺行业征收的特别税；契税是地契、房契买卖，过户时候收的税，一般因为过户麻烦，小户人家都是私下交易，签订的契约上也不会有官府红印，称为白契；矿税是向矿山征收的税；落地税，这个相当于开业税，买卖开张，向官府申请执照，要先交一笔固定的税收，成为落地税。盛住当初为了多拿落地税，就曾强令谋行商的掌柜独立出来单干。
总的来说，清朝的商税并不复杂，但周琅依然做了大量的精简，或者说规范。因为清朝的商业税收体系，漏洞实在是太多了。按照估价征税，在没有诚信体系的时代，根本就做不到有效监管。通关过卡，给守军十两银子，一万两的货物，就能估值到几十两。再说了，关卡守军哪里具有评估商品价格的能力，这个制度设计出来就没有可行性。
周琅直接就裁撤了关卡，内地所有关卡有守军的也只是负责军事防御职责，跟收税完全没有关系，尽管周琅也是喜欢抢劫的，但拦路抢小商贩这种方式太低级，而且对流通过程的效率影响太大。
牙税，也直接取消。向中间人发放执照，允许他们做经纪人，然后固定收税。这相当于给从业资格征税，周琅认为这完全没有必要，他的政府现在没有评估别人专业资质的能力，也就不要去管这些专业性的问题。如果将来发展到工业时代，需要对工程师资质进行认定的话，可以考虑建立新的部门。在周琅看来，官府为了收牙税，而对中介行业的控制，是对商业活动的一种限制。很多中介行为，其实普通人不经意间就做了，完全没必要控制。
契税，这个税种现代社会也有，印花税就是从这里发展来的。但周琅发现，这个契税更多的是行政范畴的弊病，由于满清官府（历代官府都有这毛病，包括某一阶段的公仆）难接触，难办事，大量交易是以私约形式，而不是公约，双方都避免官方的介入，因此大量私契流行，契税根本收不上来。本来重大交易让政府公正一下，这属于政府服务，却因为难接触而大家不愿意接受你的服务。这个税就显得尴尬了，政府想收收不上来，百姓交不交其实无所谓，但因为别的原因不愿意让官府介入，而规避了。
由于契税现代社会也有，让周琅考虑了很久，但他还是大胆取消了这个税种，谁说自己就一定要效仿现代人，而不能体现进行创新呢，只要原理上讲得通，就可以进行尝试，这个税完全没有意义，取消就取消了吧。
矿税，这个是要征收的。满清对开矿的限制很严，明朝也是，主要担心的是这个职业会造成大群人在荒野聚集，害怕百姓造反，在限制集会的时代，宁可不要税，也不想有风险。因此明清的矿税，大多是通过发放执照的方式限制和控制开矿行为。周琅则是大胆鼓励开发矿产资源的，所以这个税种不但能收，而且很有收的意义。但收税的意义不是为了钱，而是为了有效监督。所以周琅决定，矿税采用给授权征税的形势，而不是对生产进行征税。由矿主申请开矿，开矿的门类，产量都要进行登基。
这反倒有点像清政府的牙税，是向准入资格征税。但要求商人每年汇报矿山的大小和产量等基本情况，方便政府掌握本国矿产资源的开发情况。不对产量征税的原因在于，需要人为去核实，然后就要派出监督人员，而监督人员是否诚实，会影响税收，又有空子可钻了。
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