之所以会出现这种状况，是因为殖民当局认为“教育是一把双刃剑”，对于日本的殖民统治来说，台湾人具有高知识水平并不是什么好事。因此他们主张在台湾只进行很有限的教育，实行实际上的“愚民政策”，并宣传台湾日本化。1925年成立台北帝国大学，但这所大学里收容台湾子弟很少。一般台湾子弟只能上像医学专修这样的专门学校、职业学校，其目的是为了接受技能等实用性培训以满足日本统治的需要。很少人有机会接触文科性的精英教育，这些教育都要到日本本土去上。足见日人在台殖民教育的目的根本不是为了提升台人的文化与知识，而是为了完全把台湾给从文化上抹去。
在医学上，日本对台湾本地的中医也实行取缔灭绝的政策，1897年日本占领台省之统计：当时有中医1070人，据当局分析，富有声望者29人，通儒施医者91人，自称祖传者97人，其他均为一般时医，占80%左右。
1901年，日本占领者对台湾中医进行考试(按：日本明治维新对其本土之汉方医生举行考试，主要考西医，其目的是将中医改造成为西医，为消灭取缔中医的一种手段)，然而申请报考者竟多达2l26人，经过考试及格者仍有1097人之多，可见我台省中医界求生存竞争之烈。加上未经考试而有许可证者650人，以及考试不及格但给予同情许可证者156人，因此，台湾本世纪初，有合格中医师1903人。此后，日本为了在台湾推行其消灭中医的政策，不再举办中医考试，从此，中医绝了后来者，三十多年间，中医师只能年年减少，乃至完全消灭。
同样为了取缔台湾本地中医，和推行日本的西医的需要，日本还在台湾制定了一系列的卫生制度。
首先是关于医疗卫生行政方面，日本占据台湾后，设总督府于台北。在卫生行政方面，分设中央及地方卫生行政机关。初置卫生事务所于台总督府官房，主管台湾卫生事务，由民政局内务部警察课掌管保健卫生，由军部办理医事卫生。因官制改订，几经变革后，设卫生课隶属总督府警务局，为中央卫生行政机关，掌管岛内一般卫生行政。其主管业务包括：传染病及地方病、卫生保健、海港检疫、上水(饮用水)及下水(水沟)和市区及港湾之卫生计划、医制及药制、官公立医院、取缔鸦片及其代用品，有关济生会及其他施药事项。地方行政机关有台北、新竹、台中、台南及高维五州及台东、花莲港、澎湖三厅，各州警务部置卫生课、各厅警务课置卫生系，以分掌各地方之卫生行政事务。
再者在医学教育方面，为了完全杜绝中医的发展，也对西医的教育非常之重视。日本据台后，总督府于1895年6月20日在台北大稻埕千秋街创立了台湾病院(后改称台北病院，再改称台北医院)。两年后，即1897年4月，台北医皖院长山口秀高在院内设立医学讲习所，集台湾子弟约30名施以近代医学教育，入学者多为日语传习所毕业生、医生(中医师)，及药店弟子，初期由台北医院派医师四名，药局人员两名担任教学，教授一般课程(物理、化学、数学、地理、历史、动植物学等)及医学，此为日本据台后医学教育之开始。
此试办之医学讲习所颇具成效，乃于1899年制定总督内医学校官制，4月正式成立台湾总督府医学校。1902年5月11日第一届本科学生3名毕业。第二届仅有毕业生1名。第三届10名。第四届9名。第五届增加到23名。其后，年有所增，医学教育逐渐步上轨道。早期的医学校没有属于自己的医院，而基于日本殖民主义者对台湾人的歧视，以日本病人为主体的台北医院不开放给台湾学生做临床学习，只能由日本教师率领台湾学生远路到台北仁济院或行旅病人收容所做临床实习。
日本统治台湾时期所设之最高学府为台北帝国大学。该校开设之初，只设文政、理农两学部，至l936年始设立医学部，以台湾总督府台北医学专门学校校舍改充医学部之用。1936年1月7日，制定台北帝国大学医学部规程，3月23日任命三田定则为该学部第一代部长。台北帝国大学医学部的教授多由日本本土各大学教授、副教授中选拔，一部分由台北医学专门学校或台北医院主任级医师转任。杜聪明为台北帝国大学医学部中唯一的台湾人教授，1937年三田定则升任台北帝国大学总长，由东京帝国大学名誊教授永井潜接任医学部长。台北医院移管，成为台北帝国大学附属医院，小田俊郎任初代院长。
日本的做法取得他们想要的效果，虽说对于医疗方面的现代化有所帮助，在传染病方面也有所作为，对于一些传染病的防治工作的也有了一定的作为，但是在这期间中医的发展完全陷入了低潮，甚至说停顿，因为随着时间的推移，中医已日渐减少，西医之培养由于受到当局的支持，毕业者渐多。到了1931年，日本昭和六年末，殖民当局对我台湾省各地之医药情况进行了比较系统的调查统计，有医药人员共3l61人，其中本岛人之医生325人，经营中药者2519人，经营洋药者112人；内地人之经营中药者17人，经营洋药者179人；外国人之经营中药者9人，医生共计325人，仅占药物经营者2836人的11.5%，而且这些医生均集中在台北、新竹、台中、台南，而澎湖、花莲港与台东竟无医生。这完全是日本占领者在台推行其消灭中医政策的典型恶果，日本的中医文化灭绝政策基本上取得了成功！
日本在台湾的所作所为引起了台湾的有识之士和爱国人士的反感和抵制，使得岛内的反抗斗争一直不断，也为即将到来的中国收复台湾打下了一定基础！
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